选用抗病虫品种，必要时对种子、种苗进行消*处理。播种前，清除混杂的杂草种子和带病虫的种子。选用抗病、抗虫、抗逆且适宜生机蔬菜种植基地土壤和环境(露地、设施等)种植的蔬菜种类和优良品种，是生机蔬菜病虫害防治的关键，也是生机蔬菜病虫害防治最经济、最有效的途径。可以根据当地技术人员和市场需求，选择抗病虫性强、种子饱满、出芽率高的生机蔬菜品种，但不能使用基因工程改造的品种。
马铃薯是比较抗病虫害的有机蔬菜品种不同生机蔬菜种类和品种的抗性不同，病虫为害程度也不同。菊科的叶菜类生机蔬菜比十字花科叶菜类生机蔬菜的病虫要少，如：叶用莴苣比大白菜病害少；*瓜抗枯萎病的品种有津杂2号、长春密刺，抗霜霉病、白粉病的有津研6号、津研7号等品种，较抗白粉病的有津研2号、4号和6号，津春4号可兼抗枯萎病、霜霉病和白粉病，中农11、津春1号可抗黑星病、霜霉病、白粉病、枯萎病、疫病等5种病害；大白菜兼抗软腐病、霜霉病和病*病的有绿宝、北京新1号、津乐中青1号、中白1号、晋菜3号等；番茄双抗2号品种可抗叶霉病，毛粉、佳粉17等品种可抗蚜虫、斑潜蝇，还有既可抗蚜虫，又间接抗病*病的多毛番茄等；茄子中北京线茄、牛心茄等品种较抗褐纹病，而紫圆茄、北京九茄等品种较抗绵疫病。在众多蔬菜中，具有特殊气味和风味的蔬菜，害虫一般不啃食，虫害发生少，如韭菜、大蒜、大葱、洋葱、莴笋、茼蒿、菠菜、芹菜、胡萝卜、牛蒡、芋、山药、甜菜、芦笋、茴香、薄荷、紫苏、姜等在生机蔬菜种植中选择较多。线虫发生多的田块，改种抗(耐)虫作物如禾本科植物、葱、蒜、韭菜、辣椒、甘蓝、花椰菜等或种植水生蔬菜，可减轻线虫的发生。
有机蔬菜品种的胡萝卜病虫害也很少但是，利用抗病品种也存在着诸多问题。首先，在抗病品种选育方面，有许多病害到目前尚未找到抗病基因，再者有很多植物可遭受多种病害侵袭，要培育多抗品种是很难的；其次，优质性状和抗病性状存在矛盾，在抗病性状的选育中，经常存在抗病不优质、优质不抗病的问题，对于蔬菜来说，其品质往往更重要，这也限制了抗病品种的利用。
有机蔬菜品种的辣椒也是病虫害非常少在种植前对种子、种苗进行消*处理，尽量减少种子、种苗带菌量或害虫的虫卵，其措施主要包括利用热力、冷冻、干燥、电磁波、超声波等物理防治方法抑制、钝化或杀死病原物或害虫，达到防治病虫害的目的。特别是对气传病害、土传病害和病*病害可以获得较好的控制。
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